Aukščiausias Marijampolės „Zonta“ klubo valdymo organas yra jo narių visuotinis susirinkimas. Kitas Marijampolės „Zonta“ klubo valdymo organas – valdyba. Klubo valdyba sudarytas iš 3 narių, išrinktų visuotiniame narių susirinkime dviejų metų laikotarpiui. Valdybos veiklai vadovauja pirmininkas, kuris yra ir klubo prezidentas, išrinktas visuotinio narių susirinkimo.
KLUBO VALDYBA (2020-06-01 – 2022-05-31):
pirmininkė – klubo prezidentė Neda Juodienė,
narės: Rasa Birutė Brazaitienė, Irma Patkauskienė
ANKSTESNĖS KLUBO VADOVYBĖS :
1998 – 2000 m. Prezidentė Lilija Zableckienė, finansininkė Virginija Gailiuvienė
2000 – 2002 m. Prezidentė Viktorija Jakovleva, sekretorė Danutė Stankuvienė, iždininkė Daiva Juškevičienė
2002 – 2004 m. Prezidentė Nijolė Popierinė
2004 – 2006 m. Prezidentė Aldona Janulevičienė, finansininkė Janina Arbačiauskienė
2006 – 2008 m. Prezidentė Snieguolė Ambrasienė, iždininkė Vida Prankienė
2008 – 2010 m. Prezidentė Audronė Šlyterienė, iždininkė Dainora Svitojienė
2010 – 2012 m. Prezidentė Dalytė Venčkauskienė, iždininkė Dainora Svitojienė
2012 – 2014 m. Prezidentė Aldona Janulevičienė, viceprezidentė Danutė Stankuvienė, iždininkė Dainora Svitojienė
2014 – 2016 m. Prezidentė Viduta Bačkierienė, pavaduotoja Aldona Janulevičienė, iždininkė Dainora Svitojienė
2016 – 2018 m. Prezidentė Irena Lunskienė, iždininkė Irma Patkauskienė
2018 – 2020 m. Prezidentė Dainora Svitojienė, viceprezidentė Neda Juodienė, iždininkė Irma Patkauskienė
2020 – 2022 m. Prezidentė Neda Juodienė, viceprezidentė Natalija Kulik, iždininkė Irma Patkauskienė
KLUBO NARĖS (2020-06-01)
1. Janina Alesienė
2. Raimonda Alesienė
3. Viduta Bačkierienė
4. Rūta Bagušinskienė
5. Rasa Birutė Brazaitienė
6. Rima Bulotienė
7. Agnė Burbulienė
8. Jurgita Čerkauskienė
9. Aldona Janulevičienė
10. Neda Juodienė
11. Zita Kisielienė
12. Natalija Kulik
13. Dalytė Kundrotienė
14. Laura Latvaitytė-Zaman
15. Irena Lunskienė
16. Danguolė Micutienė
17. Irma Patkauskienė
18. Dalė Pielikienė
19. Daiva Prūselaitienė
20. Asta Skripkienė
21. Danutė Stankuvienė
22. Irena Sviliuvienė
23. Dainora Svitojienė
24. Marija Svitojienė
25. Dalytė Venčkauskienė